曾经有一种说法甚嚣尘上：“南海I号”上有大量的宝物，估值高达3000亿美元，船是因为超载而沉没。

广东海上丝绸之路博物馆专业人士表示，“南海I号”沉没原因目前很难下定论。发现这艘船时，货物保存完整，船体端坐在海底，四平八稳没有倾斜。当时的商船“冬遣舶、夏回舶”，秋冬出发时节沿海较少台风。目前猜测，船沉没可能与装载方式及海况有关。船上载有120至130吨铁器，堆放在最上层。这么布局是考虑到铁器结实——按照规律，船货越靠上摆动幅度越大，越容易破损，而铁器相比瓷器更结实，摆放在最上面时不易破碎。但这也带来另一个后果——船体重心升高稳定性下降，遇上风浪便更易倾覆。